API

• ymp package
  • Subpackages
    • ymp.cli package
      • Submodules
      • ymp.cli.env module
      • ymp.cli.init module
      • ymp.cli.make module
      • ymp.cli.shared_options module
      • ymp.cli.show module
      • ymp.cli.stage module
      • install_completion
      • install_profiler
    • ymp.stage package
      • Submodules
      • ymp.stage.base module
      • ymp.stage.expander module
      • ymp.stage.groupby module
      • ymp.stage.params module
      • ymp.stage.pipeline module
      • ymp.stage.project module
      • ymp.stage.reference module
      • ymp.stage.stack module
      • ymp.stage.stage module
  • Submodules
  • ymp.blast module
    • BlastBase
      • FIELD_MAP
      • FIELD_REV_MAP
      • FIELD_TYPE
      • tupleofint
    • BlastParser
      • get_fields
    • BlastWriter
      • write_hit
    • Fmt6Parser
      • Hit
      • field_types
      • fields
      • get_fields
    • Fmt7Parser
      • PAT_DATABASE
      • PAT_FIELDS
      • PAT_HITSFOUND
      • PAT_QUERY
      • get_fields
      • isfirsthit
    • Fmt7Writer
      • write_header
      • write_hit
      • write_hitset
    • reader
    • writer
  • ymp.blast2gff module
  • ymp.cluster module
    • ClusterMS
    • Lsf
      • states
      • status
      • submit
    • Slurm
      • states
      • status
    • error
  • ymp.common module
    • AttrDict
    • Cache
      • close
      • commit
      • get_cache
      • load
      • load_all
      • store
    • CacheDict
      • get
      • items
      • keys
      • values
    • MkdirDict
    • NoCache
      • close
      • commit
      • get_cache
      • load
      • load_all
      • store
    • ensure_list
    • flatten
    • format_number
    • format_time
    • is_container
    • parse_number
    • parse_time
  • ymp.config module
    • ConfigExpander
      • Formatter
      • expands_field
    • ConfigMgr
      • CONF_DEFAULT_FNAME
      • CONF_FNAME
      • CONF_USER_FNAME
      • KEY_LIMITS
      • KEY_PIPELINES
      • KEY_PROJECTS
      • KEY_REFERENCES
      • RULE_MAIN_FNAME
      • absdir
      • activate
      • cluster
      • conda
      • dir
      • ensuredir
      • expand
      • find_config
      • instance
      • pairnames
      • pipeline
      • platform
      • ref
      • rules
      • shell
      • snakefiles
      • unload
      • workflow
    • OverrideExpander
      • expand
      • types
    • ResourceLimitsExpander
      • adjust_value
      • expand
      • expands_field
      • formatters
      • parse_config
      • parsers
  • ymp.dna module
    • nuc2aa
    • nuc2num
  • ymp.download module
    • DownloadThread
      • get
      • main
      • terminate
    • FileDownloader
      • error
      • get
      • log
      • make_bar_format
  • ymp.env module
    • CondaPathExpander
      • expands_field
      • format
    • Env
      • create
      • export
      • get_installed_env_hashes
      • installed
      • run
      • set_prefix
      • update
  • ymp.exceptions module
    • YmpConfigError
      • get_fileline
    • YmpException
    • YmpLocateableError
      • get_fileline
      • show
    • YmpPrettyException
      • rule
      • snakefile
    • YmpRuleError
    • YmpStageError
      • show
    • YmpSystemError
    • YmpUsageError
    • YmpWorkflowError
  • ymp.gff module
    • Attributes
      • Alias
      • Dbxref
      • Derives_From
      • Gap
      • ID
      • Is_circular
      • Name
      • Note
      • Ontology_term
      • Parent
      • Target
    • Feature
      • attributes
      • end
      • phase
      • score
      • seqid
      • source
      • start
      • strand
      • type
    • reader
    • writer
      • write
  • ymp.helpers module
    • OrderedDictMaker
    • update_dict
  • ymp.map2otu module
    • MapfileParser
      • read
      • write
    • emirge_info
    • main
  • ymp.nuc2aa module
    • fasta_dna2aa
    • nuc2aa
    • nuc2num
  • ymp.snakemake module
    • BaseExpander
      • expand
      • expand_dict
      • expand_func
      • expand_list
      • expand_ruleinfo
      • expand_str
      • expand_tuple
      • expands_field
      • format
      • format_annotated
      • link_workflow
    • CircularReferenceException
    • ColonExpander
      • regex
      • spec
    • DefaultExpander
      • get_super
    • ExpandLateException
    • ExpandableWorkflow
      • activate
      • add_rule
      • clear
      • ensure_global_workflow
      • get_rule
      • global_workflow
      • load_workflow
      • register_expanders
      • rule
    • FormatExpander
      • Formatter
      • format
      • get_names
      • regex
      • spec
    • InheritanceException
    • InheritanceExpander
      • KEYWORD
      • expand
      • get_code_line
      • get_super
    • NamedList
      • get_names
      • update_tuple
    • RecursiveExpander
      • expand
      • expands_field
    • RemoveValue
    • SnakemakeExpander
      • expands_field
      • format
    • WorkflowObject
      • defined_in
      • filename
      • get_registry
      • lineno
      • new_registry
      • register
    • check_snakemake
    • get_workflow
    • load_workflow
    • make_rule
    • networkx
    • print_ruleinfo
    • ruleinfo_fields
  • ymp.snakemakelexer module
    • ymp.snakemakelexer
      • SnakemakeLexer
  • ymp.sphinxext module
    • .. sm:rule::
    • .. sm:stage::
    • .. autosnake::
    • AutoSnakefileDirective
      • has_content
      • load_workflow
      • parse_doc
      • parse_rule
      • parse_stage
      • required_arguments
      • run
      • tpl_rule
      • tpl_source
      • tpl_stage
    • BASEPATH
    • CondaDomain
      • name
      • object_types
      • roles
    • DomainTocTreeCollector
      • clear_doc
      • get_ref
      • locate_in_toc
      • make_heading
      • merge_other
      • process_doc
      • select_doc_nodes
      • select_toc_location
      • toc_insert
    • SnakemakeDomain
      • clear_doc
      • data_version
      • directives
      • get_objects
      • initial_data
      • label
      • name
      • object_types
      • resolve_xref
      • roles
    • SnakemakeRule
      • typename
    • YmpObjectDescription
      • add_source_link
      • add_target_and_index
      • get_index_text
      • handle_signature
      • option_spec
      • typename
    • YmpStage
      • typename
    • collect_pages
    • relpath
    • setup
  • ymp.string module
    • FormattingError
    • GetNameFormatter
      • get_names
    • OverrideJoinFormatter
      • join
    • PartialFormatter
      • get_field
    • ProductFormatter
      • format_field
      • join
    • QuotedElementFormatter
    • RegexFormatter
      • get_names
      • parse
    • make_formatter
  • ymp.util module
    • R
    • Rmd
    • activate_R
    • check_input
    • ensure_list
    • fasta_names
    • file_not_empty
    • filter_input
    • filter_out_empty
    • glob_wildcards
    • is_fq
    • make_local_path
    • read_propfiles
  • ymp.yaml module
    • AttrItemAccessMixin
    • Entry
    • LayeredConfAccessError
    • LayeredConfError
      • get_fileline
    • LayeredConfProxy
      • save
    • LayeredConfWriteError
    • MixedTypeError
    • MultiMapProxy
      • get
      • get_paths
      • items
      • keys
      • values
    • MultiMapProxyItemsView
    • MultiMapProxyKeysView
    • MultiMapProxyMappingView
    • MultiMapProxyValuesView
    • MultiProxy
      • add_layer
      • get_fileline
      • get_files
      • get_linenos
      • get_path
      • remove_layer
      • to_yaml
    • MultiSeqProxy
      • extend
      • get_paths
    • WorkdirTag
      • from_yaml
      • to_yaml
      • yaml_tag
    • load
    • resolve_installed_package
  • get_config
  • print_rule
  • snakemake_versions